Rozwój parafii po okresie reformacji do 1925 roku
Stosunki wyznaniowe panujące wśród parafian, a co za tym idzie, charakter pracy duszpasterskiej puńcowskich proboszczów po okresie reformacji, był odmienny i o wiele trudniejszy od czasów, kiedy ludność puńcowską stanowili wyłącznie wyznawcy Kościoła rzymskokatolickiego. Po latach reformacji stanowili oni zdecydowaną mniejszość pośród wyznawców luteranizmu. Przed księdzem Gallusem Henrykiem Sladecjuszem, mianowanym w 1648 roku puńcowskim proboszczem, stanęło więc wiele zadań duszpasterskich do spełnienia wśród garstki ludności, która ostała się jeszcze na terenie tamtejszej parafii. Niestety, cała praca, zarówno w duszpasterstwie jak i przy utrzymaniu kościoła parafialnego, była utrudniana, a wręcz uniemożliwiana przez tamtejszych innowierców. Proboszcz skarżył się wówczas na sąsiednich predykantów, iż grzebią zmarłych parafian, udzielają chrztu świętego dzieciom oraz błogosławią małżeństwa. Postawieni wobec takiej skargi, wniesionej przez proboszcza, twierdzili, że są po to ustanowieni, aby pomagać ludziom. Jednak żadnych wyjaśnień nie udzielali osobiście, ale poprzez szlachtę, która w zdecydowanej większości trwała w wyznawaniu religii luterańskiej.
Patronem kościelnym świątyni w Puńcowie był wówczas cesarz, który jednak sprawował swoją władzę poprzez Komorę Cieszyńską, powołaną do zarządzania dobrami ziemskimi na terenie Śląska Cieszyńskiego. Czerpiąc więc pomoc materialną z funduszów tejże Komory, w 1679 r., puńcowski proboszcz ks. Jakub Chmielina przystąpił wraz ze swoimi parafianami do przeprowadzenia remontu kościoła. Zabezpieczono wówczas boczną ścianę świątyni, która w znacznym i niebezpiecznym stopniu odchyliła się od pionu, grożąc zawaleniem. Wszelkie jednak trudniejsze zagadnienia i problemy, które wiązały się z remontem kościoła oraz duszpasterstwem w parafii, miał ks. Chmielina rozpatrywać po zasięgnięciu rady doświadczonych konfratrów. Ta życzliwa rada, udzielona mu przez odwiedzającego wówczas parafię w Puńcowie wizytatora biskupiego, była podyktowana nie najlepszą zaradnością proboszcza, którego z drugiej strony cechowała wielka pobożność, zwłaszcza zaś gorliwość w szerzeniu wśród parafian kultu eucharystycznego. Zbyt mało jednak jeszcze uwagi przywiązywał proboszcz puńcowski do zachęcania swoich parafian, aby przystępowali do innych sakramentów.
Do pewnego wzrostu liczby katolików przyczyniło się, wydane w 1672 r., rozporządzenie cesarskie, na mocy którego księża zostali zobowiązani do nieudzielania sakramentu małżeństwa wszystkim tym, którzy by nie przyjęli wiary katolickiej. Wskutek tego wiele rodzin przyjęło wówczas na powrót katolicyzm lub tylko do niego powróciło po okresie odłączenia od tejże wiary. Niektórzy jednak uczynili to tylko pozornie, gdyż samo należenie do wyznania protestanckiego nie pociągało jeszcze wówczas na Śląsku Cieszyńskim sankcji karnych, jedynie surowo zabronione było wykonywanie jakichkolwiek praktyk niekatolickich. Puńcowscy proboszczowie dokładali więc wszelkich starań, aby wpłynąć zwłaszcza na miejscową młodzież i zachęcić ją do przyjęcia wiary katolickiej. Ksiądz Jan Bisoń, pełniący urząd proboszcza puńcowskiego w latach 1680-1700, dokładał więc wszelkich starań w rozwój duszpasterstwa na terenie parafii. Równocześnie troszczył się o upiększenie i dobre wyposażenie kościoła parafialnego. Wszelkie potrzebne na ten cel środki czerpał z „pola plebańskiego", które było uposażeniem każdego proboszcza w Puńcowie.
W 1719 r. odnotowano w historii puńcowskiej parafii przeobrażenie, związane ze zmianą stosunków wyznaniowych na tymże terenie. W Puńcowie było wówczas 200 katolików i 152 ewangelików. Taka przewaga katolików została tutaj odnotowana wówczas po raz pierwszy od czasów przed reformacją, kiedy to Puńców był całkowicie katolicki. Ówczesny proboszcz parafii, ks. Mateusz Malisz, urodzony w 1672 r. w Dobrej koło Frydku, zamieszkiwał wówczas w Puńcowie, na probostwie wybudowanym przez miejscowych parafian. Budynek probostwa niestety wymagał natychmiastowego i całkowitego remontu, puńcowscy parafianie ciągle jednak wzbraniali się od jego przeprowadzenia. Ksiądz Malisz musiał więc przystąpić do remontu probostwa, pokrywając koszty z nim związane z ówczesnego funduszu plebańskiego, na który składały się dwa ogrody, pole uprawne, łąki oraz dwa lasy. Utrzymaniem i gospodarowaniem w tym majątku zajmował się, zatrudniany przez proboszcza, robotnik rolny, otrzymując w zamian za pracę wynagrodzenie oraz mieszkanie w domku położonym na gruncie kościelnym. Proboszcz przejawiał również wielką troskę o wystrój i wyposażenie kościoła. Odwiedzający wówczas parafię wizytator, odnotował w protokole wizytacyjnym, iż zakrystia była bardzo dobrze wyposażona we wszystkie sprzęty i paramenty liturgiczne, zaś na wieży kościelnej znajdowały się aż trzy dzwony, co jak na ówczesne czasy i materialny stan parafii, było znacznym wydatkiem. Wewnątrz kościoła znajdowały się dwa piękne ołtarze boczne, na których umieszczona była figura Matki Bożej i Jezusa Chrystusa Ukrzyżowanego.
Następcą ks. Mateusza Malisza na urzędzie proboszcza w Puńcowie został ks. Jakub Tomasz, który dotychczas pełnił obowiązki proboszcza w Dębowcu. W okresie jego bytności w Puńcowie wyposażenie kościoła wzbogaciło się o nowo zakupione organy, których przedtem puńcowska parafia nie posiadała. Niestety, równocześnie jednak był to czas ciągłego jeszcze uczęszczania mieszkańców Puńcowa na nabożeństwa do oratorium protestanckiego, a tym samym narażania się, mimo ostrzeżeń proboszcza, na niebezpieczeństwo apostazji.
Wiek XVIII charakteryzował się nastaniem niespokojnych lat dla całego Śląska. Wskutek rozdziału tychże terenów pomiędzy Prusy i Austrię, biskup wrocławski ks. kardynał Filip Zinzendorf przejął władzę kościelną nad przeważającą częścią tego obszaru. Aby usprawnić zarządzenie terenami komisariatu cieszyńskiego, 22.VII. 1770 r. powołano do życia Generalny Wikariat, którego siedziba początkowo mieściła się w Johannesbergu, a później została przeniesiona do Cieszyna, zaś pierwszym wikariuszem został ustanowiony ks. Justus Wilhelm hr. Prażma, pochodzący z Frydku. Jego władza, jak i wszystkich późniejszych jego następców, była jednak ograniczona przez biskupa wrocławskiego w obawie przed nadmiernym rozwojem ducha polskości na Śląsku Cieszyńskim. Przysługujące mu, mimo tego, uprawnienia pozwalały wikariuszowi generalnemu na lepsze zarządzanie, podległymi parafiami Śląska Cieszyńskiego.
W tym okresie tworzenia się nowej formy władzy kościelnej na Śląsku Cieszyńskim proboszczem puńcowskiej parafii był ks. Nikodem Weis, który z Puńcowa został przeniesiony do Strumienia, a stamtąd do Goleszowa.
Trudna sytuacja gospodarcza oraz zbyt małe dochody, czerpane przez ówczesnych parafian z prowadzonych małych gospodarstw rolnych, nie pozwoliły ks. Weisowi na przeprowadzenie poważniejszych inwestycji przy kościele parafialnym. Dopiero do gruntowego remontu dachu na probostwie został zmuszony w 1815 r. ksiądz proboszcz Ignacy Czacher. Na skutek burzy i uderzenia piorunu został wówczas zniszczony komin oraz piece w pomieszczeniach probostwa. Spaleniu uległa również drewniana konstrukcja dachu oraz pokrywające ją dachówki. Pożar oszczędził jednak same mury budynku probostwa, a parafianie uniknęli jeszcze większych wydatków.
Zaniedbanie prac remontowych bądź niemożliwość ich przeprowadzenia ze względu na brak środków finansowych, doprowadziły do tego, iż stan techniczny kościoła w Puńcowie był bardzo zły i domagał się natychmiastowego remontu generalnego. W 1894 r. proboszczem tej parafii został mianowany ks. Edward Linzer, urodzony 24. IV. 1863 r. w Frejstadt i pracujący dotychczas jako duszpasterz w parafii w Boguminie, gdzie po śmierci tamtejszego proboszcza ks. Antoniego Kasziczki, był administratorem parafii i równocześnie budowniczym nowego kościoła przy dworcu w Boguminie. Obejmując zarząd parafią w Puńcowie, nowy proboszcz zastał budynki kościelne w bardzo złym stanie. Dobudowana do kościoła drewniana wieża była zupełnie zbutwiała i groziła zawaleniem. Po jej rozebraniu na tym samym miejscu postawiono nową, murowaną wieżę kościelną. W czasie przeprowadzanego wówczas remontu dokonano również wymiany dotychczasowej konstrukcji dachu oraz jego pokrycia (gont zastąpiono dachówką). Kościół poszerzono jednocześnie w dwóch kierunkach. Od północy dobudowano przedsionek do zakrystii, a w kierunku zachodnim poszerzono kościół o kruchtę z kaplicą, nad którymi powstał nowy chór muzyczny. Po zakończeniu prac na zewnątrz kościoła przystąpiono do odnowienia jego wnętrza. Wykonano całkowicie nowy ołtarz główny, poświęcony w 1904 r., dwa ołtarze boczne, ambonę, chrzcielnicę i ławki dla wiernych. W okienne otwory zostały wstawione nowe witraże, cały zaś kościół został pomalowany. Ostatnią inwestycją było zakupienie w 1907 r. nowych organów. Zakończeniem i uwieńczeniem prac, związanych z generalnym remontem kościoła, było jego poświęcenie przez ks. bpa Adolfa Bertrama, które przypadło na 12.V.1918 r.
Puńcowska parafia ze swoim odnowionym kościołem wchodziła więc w ostatnie lata przynależności kościelnej do diecezji wrocławskiej, w imieniu której władzę sprawował tutaj Generalny Wikariat w Cieszynie. Od 17. XII. 1922 r. władzę kościelną na Górnym Śląsku objął Administrator Apostolski pod władzą biskupa wrocławskiego, aż do momentu utworzenia diecezji Śląskiej. Stan ten powstał najprawdopodobniej na skutek nieporozumienia pomiędzy rządem polskim a Kurią Rzymską.